Kemas kini kepada sistem operasi terkini sepatutnya membuatkan peranti berfungsi dengan lebih baik. Tetapi sebaliknya berlaku kepada pemilik iPad Pro 9.7 apabila mereka mengemas kini ke iOS 9.3.2. Kemas kini ini mengakibatkan tablet mereka gagal berfungsi dan hanya boleh digunakan sebagai penyendal pintu. Ini mengakibatkan Apple terpaksa menarik semula kemas kini iOS 9.3.2 untuk sementara waktu bagi menyelesaikan masalah.

Selepas hampir dua minggu, akhirnya versi terkini iOS 9.3.2 dihasilkan oleh Apple untuk iPad Pro 9.7. Ia boleh dilakukan secara OTA ataupun menggunakan iTunes. Setakat ini tiada masalah baru didengari mengenai binaan terbaru kemas kini ini. Pemilik iPad Pro 9.7 boleh melakukan kemas kini tanpa perlu risau masalah yang sama berulang lagi.