Terdapat banyak fungsi dan ciri memfokuskan privasi dan sekuriti pada aplikasi permesejan Facebook Messenger. Antaranya adalah mesej menghilang dan ciri penyulitan penuh untuk panggilan suara dan video.

Untuk permesejan juga, Messenger sudah menyokong ciri penyulitan penuh sejak 2016 lagi. Mereka menggunakan penyulitan penuh E2EE, tetapi ciri ini tidak diaktifkan secara lalai dan pengguna perlu menghidupkannya secara manual.

Terkini, Mark Zuckerberg telah berkongsi yang dalam mod penyulitan penuh pada Facebook Messenger – jika tangkapan layar diambil pengguna akan menerima notifikasi. Ini adalah sama seperti ciri yang diperkenalkan dalam Instagram sebelum ini.

Tambahan beliau lagi, dalam mod penyulitan penuh ini pengguna juga kini boleh menghantar GIF, pelekat dan reaksi. Penyulitan penuh secara lalai hanya akan dimulakan pada tahun 2023 ini. Ia adalah penting kerana permesejan Instagram dan Messenger telah bergabung dan sekuriti tambahan ini amat wajib bagi menjamin keselamatan pengguna.