Salah satu topik yang sering dibincangkan mengenai aplikasi MySejahtera, selain daripada keselamatan data pengguna dan juga kos pembangunan aplikasi tersebut ialah pemilikan aplikasi tersebut.
Laporan penuh oleh pihak PAC memperlihatkan perbincangan yang berlaku diantara pihak-pihak terlibat seperti Majlis Keselamatan Negara dan Kementerian Sains, Teknologi dan Inovasi.
Wong Kah Wong, Pengerusi Jawatankuasa Kira-Kira Wang Negara dilihat telah bertanya mengenai perkara ini kepada pihak MOSTI, KKM, MAMPU dan juga MKN kerana walaupun pihak kerajaan sebelum ini mengatakan bahawa hak milik intelek aplikasi tersebut adalah milik kerajaan, dokumen-dokumen rasmi daripada syarikat-syarikat seperti MySJ Sdn Bhd, Entomo, Hasrat Budi Sdn Bhd dan sebagainya.
MySJ Sdn Bhd, yang dilantik untuk mengemaskini dan membangunkan ciri-ciri baru juga telah memperlihatkan dalam sejumlah dokumen yang mengatakan bahawa mereka memunyai hak milik IP yang termasuklah kod sumber, teknologi dan data pengguna aplikasi MySejahtera.
Laporan tersebut juga menyatakan bahawa Ia tidak sehingga 6 April apabila pihak kerajaan mengatakan bahawa hak milik IP dan data pengguna aplikasi MySejahtera akan dipindahkan sepenuhnya dibawah kerajaan, khususnya dibawah Kementerian Kesihatan Malaysia.
Apabila MySJ Sdn Bhd membuat kenyataan mengatakan bahawa mereka memiliki hak milik IP aplikasi tersebut milik syarikat tersebut, ia juga dilaporkan bahawa pihak kerajaan tidak melakukan sebarang penafian mengenai perkara ini, tetapi telah melakukan due diligence untuk memastikan kod dan data aplikasi tersebut dimiliki sepenuhnya oleh kerajaan.