Shopee kini didapati melanggar perundangan anti-persaingan di Indonesia, dan telah bersetuju akan melakukan perubahan pada perkhidmatan mereka di negara tersebut. Shopee didapati menggunakan kedudukan mereka dalam membawa pengguna untuk menggunakan perkhidmatan penghantaran tertentu.
Melalui siasatan awal pihak berkuasa Indonesia, ia didapati Shopee mengutamakan Shopee Express untuk penghantaran barangan pembelian pelanggan. Disamping itu, perkhidmatan penghantaran Shopee Express dan juga J&T Express diaktifkan secara automatik untuk semua penjual – sementara perkhidmatan penghantaran lain perlu mempunyai prestasi baik, dan tidak dipilih automatik.
Pihak berkuasa Indonesia mengatakan Shopee dan Shopee Express telah mengaku bersalah ke atas pelanggaran perkara ini, dan bersetuju melakukan perubahan.
Selain Shopee, pihak berkuasa Indonesia juga sedang melakukan siasatan terhadap Lazada.